법인세 신고시 유의할 사항

법인세 신고시 유의할 사항

1. 원가 과다계상

(1) 정규증빙 수취대상 계정과목에 대한 원가계상 적정 여부
- 대차대조표, 손익계산서, 부속명세서의 계정과목 중 정규증빙 수취대상인 임차료,
수수료, 외주비 등에 대해 정규증빙 없이 과다하게 계상한 경우, 관련 비용에 대하여
손금 부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법19 【손금의 범위】

(2) 법인의 업무목적 이외 신용카드 등 사용 여부
- 법인신용카드·직불카드 등 사용 자료 중 피부미용실, 성형외과, 해외여행, 입시학원
등 업무와 관련 없는 경비를 복리후생비, 수수료 계정 등으로 회계처리한 비용이 있는
경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법19 【손금의 범위】

(3) 상품권 과다 매입 후 법인의 업무목적 이외의 사용 여부
- 법인카드 등으로 상품권을 구입하여 업무목적 이외에 사용하고, 복리후생비, 수수료
계정 등으로 회계처리한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
- 상품권을 접대의 목적으로 사용한 경우에는 접대비로 계상하고 한도액 시부인
계산하여 한도초과액은 손금불산입 기타사외유출 처분
 * 법인세법19 【손금의 범위】
법인세법25 【접대비의 손금불산입】

(4) 실제 근무하지 않는 대표이사·주주의 가족에 대한 인건비 계상 여부
- 실제로 근로를 제공하지 않는 대표이사·주주 등의 가족 등에게 지급한 것으로 처리한
인건비는 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법19 【손금의 범위】

(5) 자료상 등 불성실 납세자와의 거래 적정 여부
- 실물 거래 없이 자료상, 세금계산서 발급위반자, 폐업자로부터 세금계산서 등을
수취하여 원가 등에 계상한 경우 관련 비용은 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자
상여처분 등
* 법인세법19 【손금의 범위】

(6) 법인 전환, 세무조사 후 원가 과다계상 여부
- 개인에서 법인으로 전환한 사업자로서 특별한 사유없이 신고소득률이 동종업종 대비
저조하거나 전년대비 감소한 원인이 원가의 과다계상 및 매출누락인 경우 손금부인
또는 익금산입 후 대표자 상여처분 등
- 세무조사를 받은 후 특별한 사유없이 신고소득률이 조사를 실시한 사업연도보다
하락한 경우 원가의 과다계상액에 대해 손금부인 후 대표자 상여처분 등
* 법인세법19 【손금의 범위】

(7) 업무 목적 이외 사용한 경비를 사업소득 지급 등으로 처리 여부
- 기업자금을 업무 목적 이외의 용도로 유출하고 지급수수료 등으로 계상한 후 실제
용역을 제공하지 않은 친족 등에게 사업소득을 지급한 것으로 처리하여 사업소득
지급명세서를 제출한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법19 【손금의 범위】

2. 조세특례제한법상 공제･감면세액

(1) 연구소 등 취소, 정부출연금으로 지출한 R&D 비용은 세액공제 대상에서 제외

- 취소된 연구소 또는 전담부서에서 발생한 비용은 연구인력개발비 세액공제 대상에서
제외되며 ’14년부터 세액공제 대상 인력개발비는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는
직원에 대한 비용으로 한정되고, ’16년부터 연구관리직원에 대한 인건비는 공제대상에서
제외됨
- ’19년에 연구개발 관련 정부출연금을 재원으로 연구･인력개발비에 지출한 비용은
R&D 비용 세액공제 대상에서 제외
- ’13년부터 조세특례제한법§10의2에 근거하지 않은 출연금을 받아 R&D 비용을
지출하는 경우에도 세액공제 배제
 * 조세특례제한법10 【연구･인력개발비에 대한 세액공제】
조세특례제한법10의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】

(2) 고용 감소 법인은 고용증가 사회보험료 세액공제 대상에서 제외

- ’20년의 상시근로자 수가 ’19년보다 감소한 중소기업은 고용증가 인원에 대한
사회보험료 세액공제 대상에서 제외되며 상시근로자 수 계산 시 최대주주(최대
출자자)와 배우자, 임원 등은 상시근로자에서 제외
* 조세특례제한법30의4 【중소기업 사회보험료 세액공제】

(3) 소기업의 매출액 기준을 초과하는 경우 중기업 공제율 적용
- 중소기업 특별세액감면 적용과 관련하여 ’16년부터 소기업 판단시 상시근로자 수
기준이 폐지되고, 매출액이 업종별로 차등화되었으므로 업종별 기준 매출액을
초과하는 경우 중기업 감면비율을 적용(단, 개정전 규정에 따라 소기업 기준에
해당하는 경우에는 ’19.1.1.이 속하는 사업연도까지 소기업 유예기간 적용됨)
- (매출액 기준) 제조업 등 120억원, 건설업 등 80억원, 음식·숙박업 등 10억원

(4) 창업중소기업 등에 대한 세액감면
- 창업하거나 벤처기업 등으로 지정 또는 확인받은 일정한 법인은 감면대상 사업에서
최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일로부터 4년 이내에 끝나는
과세연도까지 감면이 적용되고
- 벤처기업 중 벤처기업 확인의 취소 또는 유효기간이 만료된 법인은 세액감면 대상이
아니므로 신고 시 유의해야 함
 * 조세특례제한법6 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

3. 외국납부세액공제

(1) 외국납부세액공제 한도 초과액에 대한 공제 부인
- 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로
대응하는 금액을 국외원천소득에서 차감하지 않고 한도를 계산한 경우 재계산하여
외국납부세액공제 적용 부인
- 국외원천소득 중 조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을
적용받은 비율을 차감하지 않은 경우 외국납부세액 공제한도 재계산하여 공제 과다
금액 부인
* 법인세법57 【외국 납부 세액공제 등】
법인세법 시행령94 【외국납부세액의 공제】

(2) 외국납부세액공제 적용 배제 대상
- 외국에서 납부한 세액이 초과이윤세, 기타 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된
세액 등이 아닌 관세, 부가가치세, 영업세(중국) 등인 경우는 외국납부세액공제 대상에서 제외
- 또한, 국제조세조정에 관한 법률 제10조 제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액
조정된 금액 중 국외특수관계인에게 반환되지 아니하고 내국법인에게 유보되는
금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액도 공제대상에서 제외
 * 법인세법57 【외국 납부 세액공제 등】
법인세법 시행령94 【외국납부세액의 공제】

(3) 외국납부세액공제 한도 계산방식
- ’15. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 국가별 한도방식만 허용되며 시행령 개정전
발생한 한도초과액(이월공제액)은 국가별 외국납부세액 또는 국외원천 소득에 따라
국가별로 안분한 후 국가별 한도방식에 따라 공제
* 법인세법57 【외국 납부 세액공제 등】
법인세법 시행령94 【외국납부세액의 공제】

4. 특수관계인 거래

(1) 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금 등 관련 손금부인
- 대여금, 기타채권 등으로 재무제표에 계상된 금액 중 특수관계인에 대한 대여금이
업무무관 가지급금에 해당하는 경우, 관련 인정이자를 익금 산입 후 귀속자에 따라
소득처분하고, 지급이자는 손금불산입 기타사외유출 처분
- 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 업무무관 가지급금에 대하여 대손
처리하거나 관련 인정이자･지급이자에 대하여 세무조정을 하지 않은 경우, 대손금
손금부인, 인정이자 익금산입 후 귀속자에 따라 소득처분하고 지급이자는 손금불
산입 기타사외유출 처분
- 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 가지급금의 이자를 이자 발생일이 속하는
사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우, 인정이자 익금산입
후 귀속자에 따라 소득처분
- 대여금, 기타채권 등으로 계상된 금액은 합계표준대차대조표의 차변 합계액 전액에
대하여 업무무관 가지급금 해당 여부를 검토하여 소득처분
* 법인세법28 【지급이자의 손금불산입】
법인세법52 【부당행위계산의 부인】

5. 손익 귀속시기

(1) 유가증권평가손실에 대한 손금불산입
- 유가증권평가손실은 법인세법에서 별도로 규정한 경우(주식발행법인 파산 등) 이외는
미실현손실로 손금에 산입할 수 없는 것으로, 결산 시 계상한 유가증권평가손실에
대하여 손금불산입(유보) 세무조정
* 법인세법22 【자산의 평가손실의 손금불산입】

(2) 전기오류수정손실에 대한 손금불산입
- 법인세법 상 전기의 회계오류로 발생한 전기오류수정손실을 당기에 이익잉여금
처분계산서, 손익계산서에 계상한 경우, 손금불산입 유보처분
- 권리의무가 확정된 사업연도를 기준으로 손익의 귀속시기를 판단
* 법인세법40 【손익의 귀속 사업연도】

6. 부동산 양도차익

(1) 고유목적사업에 사용하지 않은 부동산의 양도차익에 대한 법인세 납부
- 비영리법인이 부동산 등 유형자산 및 무형자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령·정관에서
정한 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 경우 양도차익은 법인세 과세 대상 소득임
* 법인세법4 【과세소득의 범위】

(2) 비사업용 토지 등을 양도한 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부
- ’16년부터는 중소기업도 일정 주택 및 비사업용토지(미등기 토지 등은 양도시기에
관계없이 과세)를 양도한 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세 이외에 토지 등 양도
소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 함(’15.12.31. 중소기업 과세유예 일몰 종료)
- 토지 등 양도소득에 대한 추가 법인세는 해당 사업연도에 결손금이 발생하거나
이월결손금 잔액이 있는 경우라도 추가 납부하여야 함
* 법인세법55의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
법인세법4 【과세소득의 범위】

(3) 주택을 양도한 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부
- 법령에 열거된 일정한 경우를 제외하고 법인이 주택을 양도한 경우 각 사업연도
소득에 대한 법인세 이외에 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 함
* 법인세법55의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
법인세법4 【과세소득의 범위】

7. 익금산입 및 손금불산입

(1) 자기주식 보유 및 처분이익에 대한 익금산입
- 상법을 위배하여 자기주식을 보유한 경우 업무무관 자산에 해당하므로 지급이자
손금불산입 세무조정
- 자기주식처분이익은 기업회계상 자본잉여금(기타자본잉여금)으로 처리하도록 하고
있으나, 법인세법상으로는 익금에 해당되는 것으로 자기주식처분이익에 대하여
익금산입 후 기타처분
* 법인세법15 【익금의 범위】
법인세법28 【지급이자의 손금불산입】

(2) 해산 등으로 인한 의제배당금액에 대한 익금산입
- 법인의 해산, 감자, 합병･분할 또는 잉여금의 자본전입 등으로 주주에게 귀속되는
이익은 의제배당으로 익금산입 후 배당처분
- 특히, 기업인수 등을 위한 주식취득 후 주식발행 법인의 불균등 감자시 의제 배당
여부를 검토하여 익금산입 후 배당처분
* 법인세법16 【배당금 또는 분배금의 의제】

(3) 건설자금이자 등에 대한 손금불산입
- 사업용 자산의 매입·제작·건설에 소요된 것이 분명한 차입금(특정차입금)에 대한
지급이자 등은 당해 자산의 취득가액에 가산하여야 하므로 지급이자 등을 당기비용
으로 계상한 경우 손금불산입 유보처분
- 타법인 주식, 토지 등 사업용 고정자산 취득에 필요한 자금을 조달하면서 금융
기관·증권사로부터 자문, 컨설팅 용역을 제공받고 발생한 금융자문 수수료는 당해
자산의 취득가액에 가산하여야 하므로 손금 계상한 경우에는 손금불산입 유보처분
* 법인세법28 【지급이자의 손금불산입】
법인세법41 【자산의 취득가액】

(4) 특허권 등 취득·대여·양도 관련 익금산입
- 법인이 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 등을 취득하기 위해 직접 사용된
금액(재료비, 노무비, 무체재산권 설정관련 비용)을 당기 손금으로 계상한 경우
무형자산의 취득에 해당하므로 익금산입 유보처분
- 특허권·상표권 등을 타인에게 대여하여 발생한 수입수수료 등(전용실시권료,
통상실시권료) 또는 양도금액은 익금에 해당하므로 계상 누락한 경우 익금산입 후
소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법15 【익금의 범위】
* 법인세법41 【자산의 취득가액】

(5) 주택 임대업을 영위하는 법인
- 주택을 임대하는 법인이 현금으로 수취한 임대 수입금액을 누락하거나 특수관계인에게
부동산을 무상임대하는 경우 부당행위계산부인 적용이 될 수 있음
* 법인세법15 【익금의 범위】
* 법인세법52 【부당행위계산의 부인】

8. 합병･분할

(1) 합병법인의 자산처분손실 등은 승계사업 소득에서 공제 불가
- 합병법인이 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 이후 5년 이내 발생)은 피합병
법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에서 공제 불가(2012. 1. 1. 이후
적격합병 또는 적격분할합병법인에 한함)
- 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당법인의
사업에서 발생한 결손금으로 봄
- 적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 사업과 기타의 사업을
구분경리함에 있어 합병전 이월결손금은 합병전 사업부문에서 발생한 소득에서만 공제
- 즉, 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의
범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제함
 * 법인세법45 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

(2) 부동산 임대업을 주업으로 하여 분할하는 경우 적격분할 과세특례 적용 제외
- 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문을 분할하는 경우, 적격분할 과세특례 적용
대상에 해당되지 않으므로 양도손익에 대하여 법인세 납부(2014. 2. 21. 이후 분할분
부터 적용)
* 법인세법46 【분할 시 분할법인등에 대한 과세】
법인세법 시행령82의2 【적격분할의 요건 등】

9. 비영리법인

(1) 비영리법인의 수익사업 수입금액 누락 등에 대하여 익금산입
- 노인복지시설에서 제공하는 사회복지사업은 수익사업에 해당하지 않으나 노인전문병원
운영업은 수익사업에 해당함
- 사업서비스업 중 연구 및 개발업에서 발생하는 수입은 수익사업에 해당하지 않으나
계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 경우 수익사업에 해당함
- 비영리법인이 수익사업을 영위하면서 세금계산서, 계산서 등을 발행하거나 국고보조금
등을 수취한 경우 수익사업 수입금액은 법인세 과세대상에 해당함
* 법인세법4 【과세소득의 범위】

(2) 고유목적사업준비금 설정 한도 등
- 비영업대금의 이익이 있는 경우에는 고유목적사업준비금 설정 한도 50% 적용,
수익사업 소득금액의 50%를 초과하여 준비금을 설정한 법인이 지출한 인건비에 대해
총급여액 중 8천만원을 초과하는 금액은 원칙적으로 고유목적사업비에 해당하지 않음
- ’16년부터는 기타 수익사업에서 결손(④)이 발생한 경우 이자소득금액(①), 배당소득
금액(②), 복지사업 관련 융자금에서 발생한 이자금액(③)에서 ④를 차감한 금액을
한도[(①＋②＋③)－④)]로 고유목적사업준비금 설정하여야 함. 다만, 특별법에 의하여
설립된 공제사업을 영위하는 비영리내국법인은 ’17년부터 적용
* 법인세법29 【고유목적사업준비금의 손금산입】
법인세법 시행령56 【고유목적사업준비금의 손금산입】

(3) 당기순이익 과세법인(조합법인 등에 대한 과세특례)의 세무조정
- 당기순이익은 법인세 등 차감전순이익을 말하며, 일반법인보다 낮은 세율을 적용하는
대신에 각 사업연도소득에 대한 조세특례제한법상 대부분의 조세 혜택은 배제
- 당기순이익 과세를 포기한 경우에는 그 이후 사업연도에 반드시 세무조정에 의하여
법인세를 신고하여야 하고, 접대비 등에 대해 영리법인과 동일하게 세무조정
* 조세특례제한법72 【조합법인 등에 대한 법인세과세특례】
조세특례제한법 시행령69 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

10. 기타

(1) 업무용승용차 관련 비용의 손금불산입
- 업무용승용차별로 임직원 전용 자동차보험에 가입하면 운행기록 등을 작성･ 비치하지
않아도 관련 비용의 일정금액[1천5백만원(500만원) 한도]은 손금으로 인정되며
운행기록 등을 작성한 경우에는 업무사용 비율만큼 추가 인정받을 수 있음
- 임직원 전용 자동차보험에 미가입한 경우 관련비용 전액 손금불산입
 * 법인세법27의2 【업무용승용차 관련비용의 손금불산입 등 특례】

(2) 업무용승용차 관련비용 명세서 불성실 작성
- 업무용승용차 관련비용 명세서를 작성하는 경우 다수의 차량을 통합하여 작성하지
않고 각각의 차량별로 차종, 취득가액, 관련비용 등을 기재하여 제출
* 법인세법27의2 【업무용승용차 관련비용의 손금불산입 등 특례】

(3) 업무무관가지급금, 구상채권 등에 대한 대손금 손금불산입
- 채무보증으로 인한 구상채권, 업무무관가지급금 등에 대해 대손처리 하거나 대손충당금을
설정한 경우 손금불산입 유보처분
* 법인세법19의2 【대손금의 손금불산입】

(4) 수정신고 또는 경정결정 후 이월결손금 등 과다 공제 부인
- 수정신고나 경정결정에 의하여 소득금액이 증가되거나 결손금이 감소된 경우 이후
사업연도의 과세표준을 계산할 때 수정신고 등으로 인하여 감소된 이월결손금은 각
사업연도 소득금액에서 공제
- 기부금한도초과 이월액 손금산입, 결손금 소급공제 및 기공제액, 결손 보전액이 있는
경우 차기 이후에 이월결손금 감소액 공제 부인
* 법인세법13 【과세표준】

(5) 장애인고용부담금을 지출한 법인
- ’18.2.21. 이후 고용노동부장관에게 신고․납부하는 장애인고용부담금은 「법인세법」
제21조 제5호(법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서
부과되는 공과금)에 따른 공과금에 해당되어 손금불산입 대상임
* 법인세법21 【세금과 공과금의 손금불산입】

출처 국세청 홈페이지

 

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